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La historia sigue a Otonashi, un adolescente que tras morir despierta en el patio de un gigantesco colegio y sin recordar nada sobre su vida excepto su apellido. Al despertar encuentra a su lado a una chica llamada Yuri quien le explica que ya está muerto, ese lugar es el Otro Mundo y lo invita a unirse a la Shinda Sekai Sensen (SSS) o Frente del mundo de los muertos (Nombre en turno), una organización que ella fundó y dirige para poder luchar contra Dios y encontrar una solución lógica a su ya ilógica existencia en ese mundo —el lugar donde ocurre la serie es una contraparte del purgatorio, mientras que en el purgatorio uno paga sus pecados, en este lugar se cumplen los deseos inconclusos—.

En la primavera de 1998, noveno año del estudiante Kōichi Sakakibara, se traslada de Tokio a Yomiyama, la ciudad natal de su madre, porque su padre había ido a trabajar en una investigación de la India. Su traslado fue a la escuela Yomi del norte a la clase 3-3. A causa de un neumotórax Kōichi tuvo que ser hospitalizado justo cuando comenzaron las clases. Durante su hospitalización los representantes de la clase Tomohiko Kazami y Yukari Sakuragi le hicieron una visita. Antes de recibir el alta, Kōichi conoce a una chica en el ascensor, la cual lleva el mismo uniforme de su escuela y un parche en el ojo izquierdo. Ella va al sótano del hospital donde está ubicada la morgue, diciendo que tiene que entregar algo a su "otra mitad". Su nombre: Mei Misaki. Kōichi finalmente llega a asistir a las clases y trata de adaptarse, pero no puede dejar de notar el extraño comportamiento de sus compañeros. Mei, la chica que conoció en el hospital pertenece a la misma clase, pero la mesa que utiliza es bastante vieja y diferente al del resto la clase. Ella siempre está sola y nadie parece preocuparse por su presencia o tratar de hablar con ella. Inicialmente, Kōichi cree que es un caso de acoso escolar, pero se da cuenta de que incluso los empleados y profesores de la escuela actúan de la misma manera. El ambiente algo aterrador en su nueva clase, parece tener un oscuro secreto que ninguno de sus compañeros de clase quiere revelar. En el centro de esto parece encontrarse la misteriosaMei Misaki.